原因を考えてみた

ロボットがクロールに来たときにサーバが止まっていた

サーバがとまってたときにクロールが来たとして一度や二度のことで抹消されるとは思えない。が、可能性はある。

第三者が削除依頼を出した

削除依頼できるのか調べて見たら、Google ページの削除に自動 URL 削除システムというページを発見。しかし、これが働くためにはまずrobots.txtを配置していなければいけないらしい。つまり管理者でなければ行えないので無理。

グーグルダンス等のデータ構成中の弊害？

一時的なものかも